• Vợ: Công chúa Chiêu Thánh Lý thị, tức Lý Chiêu Hoàng (1218-1278). Hai người sống với nhau từ năm 1258 tới năm 1278.
• Con trai: Thượng vị hầu Lê Tông.[7]
• Con gái: Ứng Thụy công chúa Khuê.[7]

Trần Bình Trọng

PGS Trần Bá Chí căn cứ vào Lê triều miêu duệ và Cổ Mai bi ký cho rằng Lê Phụ Trần là cha Trần Bình Trọng và có thể chính Lê Tông là Trần Bình Trọng vì tài liệu chỉ ghi Lê Phụ Trần và công chúa Chiêu Thánh chỉ có một người con trai, không nhắc đến người con trai nào khác.[9]